水稻苗期zui易感病，且发病程度与种子带菌有关。重病谷不发芽，或发芽后不久即死亡。病轻的种子出苗后，当土温达到25~30 ℃时，就开始表现症状，全株淡黄绿色，生长细长，一般高出健苗1/3左右，根部发育不良（有时不明显）；叶片和叶鞘窄长，部分移栽前死亡。湿度大时在枯死苗近地面部分有时产生淡红色或白色霉状物，即病菌的分生孢子。

在秧田不表现症状的带菌秧苗，移栽后半月至一个月出现病株，一般病株比健株高，但分蘖少或不分蘖，节间显著伸长，节部常弯曲露出叶鞘之外，下部几个茎节倒生许多白色或黄褐色的不定根。剥开叶鞘，有时可见节的上下组织呈暗色，茎上有暗褐色条斑，剖开病茎，可见白色株丝状菌丝体，以后茎秆腐朽，重病株在孕穗前枯死，轻病株提前抽穗，穗形短小或籽粒不实，有的变成白穗。天气潮湿时，在枯死病株的表面长满淡红色或白色粉霉，后期散生或群生蓝黑色小粒。

水稻抽穗期谷粒也可受害，严重的变为褐色，不能灌浆结实变成瘪粒，有的病粒内外颖缝合处有一层线状条纹，天气潮湿时产生淡红色霉层。发病轻的仅谷粒基部或变为褐色，有的病粒外表无明显症状，但内部有菌丝潜伏。

病菌的分生孢子梗无色，分生孢子有大、小两型。小型分生孢子卵形、椭圆形或纺锤形，单胞，偶见双胞，zui初在孢子梗上串生成长链或簇生成球状，以后分散；大型分生孢子无色，细长，新月形，两端弯曲尖削，基部有足细胞，一般有3~5个隔膜，通常着生于多次分枝的无色分生孢子梗上，大量孢子聚集时，呈淡红色，干燥时呈粉红色或白色。

恶苗病的发生程度直接影响水稻有效穗数量和产量，因此准确和快速鉴别恶苗病并及时采取措施至关重要。但是，在恶苗病发生普遍时尤其要注意与生理性病害和病毒性病害的区别：生理性病害一般表现为老叶或下部叶片先发病；病毒性病害多心叶和上部幼嫩叶片先发病；而恶苗病通常全株（包括叶片和叶鞘）表现症状。